1月3日 自治区党委内党干字[99]4号文件决定：云荣布扎木苏任内蒙古农业大学党委书记；麻硕士任党委副书记， 提名任内蒙古农业大学校长；任一峰、于洋任党委副书记；嘎尔迪、王林和、邬建刚、郑俊宝任党委委员， 提名任副校长；张坚任党委委员、纪检委书记；提名赵维章、郭连生任内蒙古农业大学巡视员；提名陈宽厚任助理巡视员。
1月4日 自治区教委领导召集内蒙古农牧学院和内蒙古林学院两校党委班子开会，正式宣布开始两校合并的筹备工作。
1月11日至13日 农业大学筹备领导小组决定成立机构设置、实验方案制定组，规划制定、制度建设组，专业调、学科建设组，资产评估、财务审
1月14日至16日 筹备领导小组举办两校合并筹备工作学习班。
1月26日 自治区人民政府召开主席办公会议，听取了内蒙古农牧学院、内蒙古林学院合并筹备领导小组工作进展情况汇报。会上宝音德力格尔副主席就农业大学的改革发展问题作了重要指示。
2月3日至5日 筹备领导小组召开筹备专家组会议，对《内蒙古农业大学教育事业近期发展计划暨2010年远景规划》、《内蒙古农业大学学院、直属系（部）调整建设意见》、《内蒙古农业大学编制方案》和《内蒙古农业大学关于内部人员转岗分流、重新安置的意见》等方案进行讨论，提出意见。
2月5日 内蒙古审计厅下达内审通行(99)3号审计通知书, 决定对内蒙古农牧学院和内蒙古林学院的财务收支、资产情况、 债权债务等进行全面审计。
2月8日 由自治区审计工作组到农林两校，对资产、负债及财务状况（决算）进行审计。
3月2日 自治区审计工作组与农林两校领导就审计情况交换意见，并办理审计签证手续。
3月25日 教育部教字[99]30号文件通知：同意内蒙古农牧学院和内蒙古林学院合并后更名为“内蒙古农业大学”，同时撤销内蒙古农牧学院和内蒙古林学院建制。
4月12日 自治区人民政府主持召开内蒙古农业大学成立大会。自治区人民政府主席乌云其木格、副主席宝音德力格尔、副秘书长张廷武、王秀梅、格日乐图到会祝贺。 乌云其木格作重要讲话；宝音德力格尔宣读国家教委和自治区政府关于内蒙古农牧学院和内蒙古林学院合并成立内蒙古农业大学的通知；自治区高校工委书记、自治区教委主任张树逊， 畜牧厅厅长于铁夫， 内蒙古工业大学校长孟昭昕和校党委书记云荣布扎木苏先后在大会上讲话。 大会由张廷武主持。
4月15日 原《内蒙古农牧学院学报》和《内蒙古林学院学报》更名为《内蒙古农业大学学报》。
4月2日至15日 嘎尔迪副校长一行访问荷兰瓦赫宁农业大学，签订《瓦赫宁根农业大学与内蒙古农业大学建立校际交流合作关系谅解备忘录》。
4月14至16日 校党委举办党委委员学习班。党委书记云荣布扎木苏作“统一思想，抓住机遇，团结拼搏，努力做好内蒙古农业大学的启动工作”的动员报告。
4月18日 党委副书记任一峰获全国第十届半月谈思想政治工作创新奖。
4月21日 学校原实验农药厂经工商管理部门正式注册为“内蒙古神威科技发展有限公司”。
4月22日 国务院批准田自华、王竹瑛、张海明享受政府特殊津贴。自治区人民政府批准闫伟、续维国、慈忠玲、 刘国厚、赵士杰、张少英为自治区有突出贡献的中青年专家。
4月23日至30日 郑俊宝副校长一行访问日本东京大学、 冈山大学、鸟取大学、明治乳业株式会社及鸟取县农业协同组合。
4月26日 内蒙古自治区科委、科协在职业技术学院举行“内蒙古农牧业科技园区”和“内蒙古青少年科技园地”命名大会和挂牌仪式。
5月3日 农学院95植保班被授予“全国先进班集体”称号。
5月6日 学校大学生艺术团获全区高校文艺汇演一等奖1项，二等奖2项、三等奖1项；获全区大学生艺术、书法、摄影比赛一等奖2项；李福钦同学的蛋雕艺术品《元帅像》获全区大学生艺术作品竞赛一等奖，并获全国大学生艺术节二等奖。
5月8日 学校各单位通过召开师生座谈会,举行集会等形式, 愤怒声讨以美国为首的北约悍然对我国驻南联盟使馆进行轰炸和杀害我使馆工作人员的野蛮暴行。
5月12日 农业部人事劳动厅批准中央农业管理干部学院农牧学院分院更名为内蒙古农业大学分院。
5月25日 中日政府间技术合作项目《内蒙古乳制品研究培训项目》结束并移交中方。
5月31日 学校有22名学生在全区大学生学习邓小平理论优秀论文和积极分子、大中学生“联通杯”展望新世纪主题演讲竞赛中获奖。
5月 农业大学饮食服务中心通过全国第四次卫生城市检查。
5月 加拿大农业食品部草原管理局、农业研究中心、中国环境与发展国际合作委员会可持续农业工作组专家B. Soontag 、 GeraldLuciuk、R.Wettlafer、W.Linwall等来学校访问。
6月11日 呼和浩特地区大学生田径运动会在内蒙古农业大学举行。本校共获14项冠军、15项亚军、8项第三名。
6月26日 继续教育学院隆重表彰在1998-1999 年度涌现的三好学生、优秀学生干部、优秀毕业生、优秀团干部、优秀团员、 红旗团支部、先进集体、标兵宿舍等。
6月29日 校党委决定,对全校159名处级干部进行正式聘任(任用)，其中正处级干部61名，副处级98名。
6月29日 动物科学与医学学院党总支被评为自治区先进基层党组织；赵世权被评为自治区优秀共产党员。
6月30日 内蒙古农业大学学生就业指导中心成立。
6月 姚云峰、高永获联合国开发计划署颁发的“防治荒漠化实用技术最佳实践奖”。
6月 加拿大政府国际发展署亚洲司司长殷瑞、 驻华使馆农业参赞等来学校考察。
7月2日 学校召开处级干部聘任（任用）大会。
7月2日 经校党委研究决定,中央农业管理干部学院，复函学校，同意校党委对中央农业管理干部学院内蒙古农业大学分院的干部聘任，由郑俊宝任分院院长。
7月7日 内蒙古农业大学李培锋、闫伟被遴选为自治区“321人才工程”第1层人选；韩国栋、于卓、贺银凤、曹贵方、高永等5人被遴选为自治区“321人才工程”第2层人选。
7月8日 由学校99届全体毕业生捐资修建的校园人文景点“魂”落成揭幕。
7月9日至8月5日 学校邀请日本国东京大学农学部森裕司、楠濑良教授来校对“生物技术在奶牛中应用”引进项目进行技术指导。
7月10日 学校19名优秀应届毕业生被自治区党委组织部选调到基层工作。
7月12日至24日 学校邀请美国俄克拉荷马州大学Arron C.Guenzi 等先生来校对“作物分子育种”引进项目进行技术指导和讲学。
7月15日至30日 学校邀请荷兰NMCP组织J.A.Schrooyen 博士来校对“北方地区中型以上猪管理”引进项目进行技术指导及讲学。
7月17日 学校与呼和浩特市私立秋实学校签定合作创办内蒙古农业大学附属秋实中学协议。
7月19日 内蒙古农业大学食堂（东区）被自治区教育厅评为高等院校先进食堂。
7月22日 受农业部委托，中央农业管理干部学院内蒙古农业大学分院承办的“全国农业院校成人招生协调会”在学校举行。
7月22日 学校召开党员大会,传达党和政府处理和解决“法轮功”问题的决定,部署学校揭批法轮功工作。
7月22日至29日 全区首届盟市、 重点旗县社会治安综合治理办公室主任培训班在内蒙古农业大学分院举办。
7月29日 学校成立处理和解决“法轮功”问题小组。
7月 内蒙古农业大学毕业学生1749名，其中，博士研究生5名，硕士研究生47名，本科生940名，专科生 名。
8月1日至10日 学校邀请美国农业部Kay Asay 博士来校对项目进行技术指导及讲学。
8月3日 云兴福教授被授予“全国优秀农业科技工作者”称号。
8月4日 建设部为我校农林工程设计院颁发乙级设计资质证书，自治区建设厅也相继颁发了相关专业的丙级资质证书。
8月14日至21日 学校邀请荷兰瓦赫宁根农业大学Seerp Tamminga 教授来校对“改善牛奶品质”引进项目进行技术指导及讲学。
8月16日至23日 邬建刚副校长应邀访问蒙古国立农业大学。
8月17日 全国动物生理生化第四届会员代表大会暨第六次学术研讨会和第一届全国反刍动物营养生理生化学术讨论会在我校召开。自治区人民政府副主席傅守正出席大会开幕式并讲话。
8月20日至9月5日 学校邀请法国农科院Francois Le Tacon 教授来校对“菌根生物剂产业化应用”引起是项目进行技术指导及讲学。
8月21日至24日 由闫伟博士主持的“国际菌根生物技术应用学术研讨会”在内蒙古农业大学召开。
8月22日至9月2日 学校邀请日本国名城大学新居直佑教授来校对“环境胁迫对果树高产、稳产的影响”引进项目进行技术指导。
8月24日至27日 校党委举办处级干部岗前培训班,59名新聘任（任命）的处级干部参加学习。
8月25日至30日 “全国农业工程类专业面向21 世纪教学内容与课程体系改革 专家研讨会”在学校召开。中国工程院院士、中国农业大学博士生导师汪懋华教授，中国科学院院士、 东北农业大学博士生导师蒋亦元教授及全国15所农业院校的35名专家学者参加研讨会。
8月30日 “中国共产党内蒙古农业大学纪律检查委员会”等71枚公章正式启用。
8月 录取新生2781人，其中，少数民族654人，占23.5%。新生中，本科生2018人，专科生763人。
9月5日 学校首批研究生入学。其中，博士研究生12名， 硕士研究生86名。
9月8日 内蒙古农业大学精神文明建设等21个委员会成立。
9月8日 全国教育工会授予学校“民主管理先进单位”称号。
9月9日 内蒙古农业大学与内蒙古军区后勤部联合共建的“食用菌栽培试验示范基地”挂牌仪式在内蒙古军区种养骨干培训基地举行。
9月10日 我校隆重庆祝第十五个教师节。表彰奖励学成回校工作的博士、 以同等学历获得硕士学位的教师、“三育人”先进个人及“校园育人奉献奖”、“园丁奖”、“幼儿教育优质奖”。
9月13日 王竹瑛教授获“乌兰夫奖”银奖。
9月15日 经国家科技部、国家新闻出版署批准原《内蒙古农牧学院学报》、《内蒙古林学院学报》合刊，更名为《内蒙古农业大学学报》（自然科学版）。
9月16日-17日 学校关工委被自治区关工委评为1999 年度先进集体，秦智、荀崇文被评为先进个人。
9月21日 21世纪中西部地区经济与环境可持续发展研讨会在学校召开。
9月25日 学生公寓安装电视，并开通有限电视台信号。
9月27日 学校发布《内蒙古农业大学涉外工作暂行规定》等3个规章制度。
9月28日 校团委被评为“全国五四红旗团委创建单位”。
9月30日 学校录取新生2812人,其中，少数民族654人，占23.5%。新生中，本科生2018名，专科生763名。
9月30日 学校为168名特困学生发放扶困助学补助金29100元。
10月6日 学校与蒙古国立农业大学签定《蒙古国立农业大学与内蒙古农业大学关于1999年8月至2000年8月间进行合作的协议书》。
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10月7日 内蒙古教育纪工委同意内蒙古农业大学纪律检查委员会组成人员名单。
10月10日 学校举办第一期学生党员及入党积极分子培训班,854名学生参加培训。
10月14日 学校大学生邓小平理论研究会成立。
10月20日 内蒙古农业大学林学院与内蒙古民革对外文教交流中心联合开办的“国家职业技能鉴定所”成立。
10月23日 内蒙古大学、 内蒙古工业大学和内蒙古农业大学联合申请建立的“国家大学生文化素质教育基地”获教育部批准正式成立。
10月 学校被评为全国“大学生社会实践及大中专学生志愿者暑期‘三下乡’活动先进单位”。
10月 内蒙古农业大学职业技术学院、林学院被评为“全区思想政治工作优秀单位”，于洋、汪建平被评为“全区优秀思想政治工作者”。
10月 刘果厚、占卜拉、李树荣、敖特根等4名教师被自治区党委组织部和锡林郭勒盟盟委组织部选调赴锡林郭勒盟正蓝旗、 苏尼特左旗、太仆寺旗、苏尼特右旗挂职，任科技副旗长。
10月 内蒙古农业大学林学院和包头市昆都仑水库签定《昆都仑水库旅游规划设计》项目合同。
11月2日至3日 校党委召开会议研究学校内部管理体制改革工作。
11月7日 在全区技术创新大会上,朝伦巴根获自治区“科技兴区特别贡献奖”。
11月7日 德力格尔桑、田有亮被授予自治区“优秀专业技术人员”称号，并荣立一等功。
11月7日 张胜、杜文亮被授予全区“深入生产第一线做出突出贡献科技人员”称号。
11月8日 内蒙古农业大学被评为自治区尊师重教先进集体；窦卫国被评为自治区模范教师。
11月9日 学校确定首批校级重点建设课程，制定《内蒙古农业大学课程建设工作实施意见》并投入专款对饲料学等23门重点课程进行建设。
11月9日 学校获呼和浩特地区大学生女子篮球冠军。
11月9日 校党委印发《关于加强统战工作的意见》和《内蒙古农业大学各级党政领导联系党外人士制度》。
11月11日 学校获“全区教育先进集体”称号，窦卫国、姚云峰被评为“自治区模范教师”。
11月15日 遗传育种实验室被确定为自治区级重点实验室。
11月15日 学校与中国建设银行呼和浩特郊区支行签订“个人助学贷款合作协议书”。
11月16日至30日 麻硕士校长一行访问法国农业科学院，就校际交流与合作达成一致意见。
11月18日 “全区首届高校图书馆馆长研讨会”在学校举行。
11月21日 学校教研室经调整由原两校92个教研室改建为59个教研室，实现实质性合并。
11月24日 自治区教育工会主席苏来巴特尔代表全国教育工会为学校授“民主管理先进单位”光荣匾。
11月28日 丁雪华被中国学位与研究生教育学会评为先进工作者。
12月1日至15日 麻硕士校长一行访问俄罗斯,并与俄罗斯伊尔库茨克国立农学院及布里亚特共和国分别签订《关于伊尔库茨克国立农学院与内蒙古农业大学的合作意向书备忘录》、 《关于布里亚特农学院与内蒙古农业大学间的科学技术合作协议书》。
12月1日 经自治区高等学校专业设置评议委员会批准，学校增设“交通运输”、“包装工程”和“行政管理”3 个本科专业。
12月7日 自治区学生军训工作评估小组来学校检查评估学生军训工作。
12月10日 学校学生公寓开通201电话。
12月14日 学校教务处被评为“1999 年全国普通高等学校优秀教务处”。
12月17日至19日 内蒙古农业大学第一届第一次教职工代表暨工会会员代表大会隆重召开。 自治区人大常委会副主任王秀梅以及有关领导同志应邀出席大会。
12月18日 内蒙古农业大学内蒙古农牧渔业生物实验室中心通过自治区技术监督局计量认证评审。
12月21日 中国民主同盟内蒙古农业大学总支委员会成立。
12月22日 学校被评为“呼和浩特市水资源管理和节约用水先进集体”。
12月24日 学校团委被自治区人民政府授予“无偿献血先进集体”称号。
12月25日 学校教师业务考核模型正式用于教师的年终业务考核。
12月 学校成立《内蒙古农业大学学报》（自然科学版）第一届编委会。
生态环境学院草业科学专业被农业部批准为重点学科。
校团委被自治区团委授予“校园文化活动优秀奖”、“大学生素质拓展活动优秀奖”。
《内蒙古农业大学学报》（自然科学版）获全国优秀期刊三等奖。
1月12日 内蒙古会计电算化领导小组同意职业技术学院承办本校在校生的会计电算化培训工作。
3月11日 自治区建设厅同意职业技术学院举办建设行业专业管理人员岗位培训班。
3月23日至25日 加拿大高级研究人员石德博士和加籍华裔学者王宏博士到职业技术学院讲学。
4月26日 自治区党委副书记乌云其木格、自治区人大副主任王秀梅及有关领导50多人来职业技术学院视察，并出席“内蒙古农牧业科技园区、内蒙古青少年科技园地”命名大会揭牌仪式。同日，乌云其木格在职业技术学院主持召开自治区第六届党委第152次书记办公会议。会议指出职院教学和科研要有重点和特色，要有超前性、办出高水平，形成一定规模。对学校请求帮助解决的问题，要求学校要充分依靠自己的力量滚动发展，多方设法增加收入。同时确定：自治区计委、水利厅继续扶持节水灌溉二期工程建设；自治区科委要把设施园艺项目列入自治区农牧业可持续发展总体规划，生产市场急需的名优特新菜种、粮种、草籽和树苗，并结合推广高新技术、设施向农村牧区推广示范；自治区科委、计委、畜牧厅、农业厅要把棚网种猪项目、胚胎牛工程项目、设施园艺项目尽快纳入自治区种子工程序列，继续给予支持；自治区计委要安排学校实验楼的立项；自治区财政厅要进一步落实学校的开办费问题。
5月13日 加拿大考察团访问、考察职业技术学院，并磋商合作事宜。此援助项目总投入为1,200万加元。
5月18日 内蒙古自治区劳动厅同意内蒙古农业大学职业技术学院为农艺二等工种技术等级定点培训单位。
5月19日 自治区计委对职业技术学院投资30万元，用于基础设施建设。
6月2日 内蒙古自治区机构编制委员会内机编发[99]第13号文批复内蒙古农业大学机构编制“五定”方案中，重新核定职业技术学院人员编制为307名（不含已划出的40名教师编制）。其中，教学与科研人员99名，教学辅助人员83名，党群行政管理人员55名，科技园区52名，生活后勤服务人员18名。
6月4日 内蒙古科协主席朝伦巴根教授来职业技术学院做学术报告。
7月 职业技术学院教学综合楼竣工。
9月 职业技术学院已设置4个本科、18个专科专业。
9月9日 自治区人民政府主席云布龙为内蒙古农业大学职业技术学院题词题写了校名。
10月26日 职业技术学院经济管理系“工商管理”辅修专业招生。
10月 职业技术学院获全区思想政治工作优秀单位称号。
11月11日 内蒙古自治区劳动厅同意内蒙古农业大学职业技术学院为蔬菜二等工种职业技能鉴定站。
12月 职业技术学院被确定为“全国青少年科技教育基地”。
12月1日至3日 内蒙古农业大学职业技术学院召开第一届教职工代表大会暨第一届工会会员代表大会。大会选举产生了首届教代会常设委员会和第一届工会委员会。
